Здравствуйте, Светлана. В налоговом органе Вам отказали, скорее всего потому, что они технически не могут пересчитать пени. Но это не Ваши проблемы. Напишите жалобу в УФНС по своему региону, распишите ситуацию и обязательно сошлитесь на это письмо Минфина РФ, которое Вы указали. Так как Ваша позиция верна и это подтверждается и позицией судов:
Постановление пленума Высшего Арбитражного Суда РФ от 30.07.2013 №57 подп. 4,5 п. 14: если по итогам налогового периода сумма исчисленного налога оказалась меньше сумм авансовых платежей, подлежавших уплате в течение этого налогового периода, судам необходимо исходить из того, что пени, начисленные за неуплату указанных авансовых платежей, подлежат соразмерному уменьшению. Данный порядок надлежит применять и в случае, если сумма авансовых платежей по налогу, исчисленных по итогам отчетного периода, меньше суммы авансовых платежей, подлежавших уплате в течение этого отчетного периода.
По итогам года получен минимальный налог - по пени по аванс.платежам УСН
Светлана, ст.346.21 устанавливает
Таким образом формально с Вам правомерно взыскали и авансовые платежи и пени за несвоевременную их уплату. Механизма пересчета действительно не существуют.