Теперь она забрала ребёнка и подала на алименты и пришёл долг за эти 3 года

Здравствуйте Руслана 

В данном случае необходимо подавать отзыв на исковое где указывать приведённые вами обстоятельства + желательно нанять представителя .

Бывает так, что спустя время ребенок переходит на воспитание другому родителю. В таком случае родителям стоит заключить соглашение. Есть случай, когда пара развелась в 2011 году, дети остались проживать с мамой, но спустя семь лет младший сын переехал к отцу. Стороны изменили способ и порядок выплаты алиментов, заключив соглашение, согласно которому алименты стала выплачивать экс-супруга. Это соглашение родители не оспорили и исполняют должным образом. Если ко второму родителю переехали все совместные дети, отец (или мать) может обратиться с иском об освобождении от уплаты алиментов, определении места жительства детей с ним.
Что делать с алиментами, которые уже выплачены после переезда ребенка ко второму родителю? Эту сумму можно вернуть в судебном порядке как неосновательное обогащение.

Так же укажите в отзыве что, если её требования удовлетворят то это станет неосновательным обогащением так как фактически все расходы несёт отец.

Отец так же может заявить встречный иск е: если родитель не участвует в содержании своих несовершеннолетних детей, средства на их содержание (алименты) с него можно взыскать через суд в порядке приказного либо искового производства (п. 2 ст. 80 СК РФ; абз. 5 ст. 122, п. 3 ч. 3 ст. 125 ГПК РФ; п. 3 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 26.12.2017 N 56).

Жена не участвовала насколько я понимаю, значит есть основание для взыскания. 

Так же каким образом было определено место жительства ребёнка был ли суд?