Влад!
Проблема в том, что до настоящего времени возможности военнообязанных дистанционно сняться с воинского учёта ограничены. В соответствии с положениями действующего законодательства сняться с учёта без личной явки возможно только в том случае, когда обстоятельства, дающие право на снятие с учёта подтверждены военкомату по системе межведомственного взаимодействия, то есть данные должны поступить не от самого гражданина, а от соответствующего ведомства (в том числе и МВД РФ, которое надо уведомлять о получении ВНЖ). Военкоматы ссылаются на отсутствие такой информации и требуют личной явки. Указанных Вами документов могло бы хватить, на мой взгляд, если бы военкомат счёл возможным снять Вас с учёта без личной явки, в чём я не уверен.
Всего доброго!