Добрый день.
Ввиду того, что на оплату ипотеки был направлен материнский капитал, правом на часть квартиры, как минимум равную 1/4 части материнского капитала, Вы обладаете. Но при этом согласно действующему законодательству, правом на налоговый вычет обладает собственник помещения — плательщик НДФЛ (ст. 220 НК РФ).
Поскольку договор, на основании которого было приобретено право собственности на квартиру и кредитный договор оформлен на одного из супругов, использоваться право на вычет может только он. Факт рефинансирования на это влияния не оказывает.
С дохода собственника должен быть уплачен НДФЛ, за счет которого производится вычет. При этом налоговый вычет с суммы материнского капитала действующим законодательством не предусмотрен, поскольку согласно п.34 ст. 217 Налогового кодекса РФ сами средства материнского (семейного) капитала не подлежит обложению НДФЛ. Ввиду этого долей квартиры Вы владеть будете, а вот имущественный налоговый вычет получить не сможете.
Если Вам потребуется дополнительная консультация по этому вопросу и/или составление документов, либо возникнут иные правовые вопросы, Вы можете обратиться ко мне в чат за персональной консультацией.