В ипотеку вложен материнский капитал, после погашения ипотеки, дети наделены долями, совершеннолетний сын отказался от доли

Добрый день, Татьяна!
Если Ваш сын не был собственником доли в проданном имуществе, то и налогооблагаемых доходов с продажи квартиры у него нет.

Информация о продаже квартиры налоговым органам поступает из органов регистрации сделок с недвижимостью. Возможно, информация неполная или неточная  и тогда Вашему сыну нужно представить пояснения и дополнительных документов, подтверждающих отказ.

Либо вы заблуждаетесь насчет того, что отказ был. Посмотрите, кто указан в договоре купли-продажи квартиры в качестве продавцов. Если сын не указан, то всё в порядке. И нужно просто представить в налоговую инспекцию пояснения и документы, как я указала.