Как рассчитать налог при продаже унаследованных долей в двух квартирах?

Добрый день. Андрей, отвечу на ваш вопрос по порядку и предложу свои варианты решения вашей проблемы. 

1. Действия относительно квартиры без обременения (ипотеки) при ее продаже для минимизации расходов,  в том числе налогов:  

Вы дарите долю в квартире вашей маме. Сделка по дарению доли должна быть нотариально удостоверена в силу п.п.1 ст. 42 Федерального закона «О государственной регистрации недвижимости». 

Ваша мама не платит налог с дохода от подаренной доли в квартире в силу п.18.1 ст. 217 Налогового кодекса РФ, поскольку является для дарителя близким родственником. 

Минимальный срок владения квартирой исчисляется с даты первичной государственной регистрации супругом права собственности на квартиру, приобретенную в общую совместную собственность супругов, то есть с 2010 года, а поскольку минимальный предельный срок владения уже прошел, то ваша мама будет освобождена от уплаты налога (НДФЛ) в силу ст. 217.1 Налогового кодекса РФ. 

Данная позиция подтверждается письмом Минфина России от 15 ноября 2019 г. N 03-04-05/88173.

Таким образом, из расходов у Вас будут: оплата услуг нотариуса и государственная пошлина.

Если я подарю маме обе доли, она должна платить налог, если расходы на первую квартиру она может подтвердить договором купли продажи а вторая находится в собственности более 5 лет?

Нет, налог не возникает в силу п.18.1 ст. 217 Налогового кодекса РФ, о чем я выше написал. 

Продолжу свой ответ ниже. 

Здравствуйте!

вторая за 4 000 000 принадлежит ей с 2010 года

по данной квартире согласен с коллегой, дарите долю матери и она продает квартиру без НДФЛ по сроку владения на основании п.17.1 ст.217 НК.

что же касается другой квартиры, то продавать ее нужно Вам обоим одним договором, при этом удостоверять договор у нотариуса не обязательно в силу п.1.1 ст.42 Федеральный закон от 13.07.2015 N 218-ФЗ «О государственной регистрации недвижимости».

1.1. Сделки по отчуждению или договоры ипотеки долей в праве общей собственности на недвижимое имущество подлежат нотариальному удостоверению, за исключением:
1) сделок при отчуждении или ипотеке всеми участниками долевой собственности своих долей по одной сделке;

Вы с мамой вправе будете уменьшить свои налоговые базы за счет имущественного налогового вычета в виде уменьшения дохода на расходы: Ваша мама на половину расходов по ипотеке (включая ипотечные %), а Вы на основании абз.18 пп.2 п.2 ст.220 НК на вторую половину расходов по ипотеке [т.е. половину расходов по ипотеке Вашего отца] 

В случае, если при получении налогоплательщиком имущества… в порядке наследования… налог в соответствии с пунктами 18 и 18.1 статьи 217 настоящего Кодекса не взимается, при налогообложении доходов, полученных при продаже таких имущества… учитываются также документально подтвержденные расходы наследодателя… на приобретение таких имущества... 

+ Ваша мама может уменьшить налоговую базу еще за счет имущественных налоговых вычетов, предусмотренных пп.3 и 4 п.1 ст.220 НК, в связи с приобретением жилья, если ранее право на данные имущественные налоговые вычеты ею не использовалось, поскольку они предоставляются единожды.

11. Повторное предоставление налоговых вычетов, предусмотренных подпунктами 3 и 4 пункта 1 настоящей статьи, не допускается.