Вячеслав!
Эти вопросы решаются по правилам Положения о военно-врачебной экспертизе, которое было утверждено Постановлением Правительства РФ №565 от 4.07.13, а в нём есть п. 63 такого содержания:
63. В мирное время военно-врачебная комиссия выносит заключение о необходимости предоставления военнослужащему отпуска по болезни на срок от 30 до 60 суток в зависимости от характера и тяжести увечья, заболевания.
…
Военнослужащему, проходящему военную службу по контракту, отпуск по болезни может быть продлен не более чем на 30 суток.
По истечении срока непрерывного нахождения на лечении и в отпуске по болезни, который не должен превышать 4 месяцев ..., военнослужащий подлежит освидетельствованию для решения вопроса о его годности к военной службе.
Срок непрерывного нахождения на лечении военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, может быть продлен в случае, если по завершении лечения он возвратится к исполнению обязанностей военной службы.
Как видно, отпуск по болезни военнослужащему по контракту может продлеваться до 30 суток и составить в совокупности 90 суток, о чём Вас предупредили.
При этом в Положении о ВВЭ сказано, что в случае возвращения к исполнению обязанностей по военной службе (о чём сейчас Вам говорят), срок нахождения на лечении может быть продлён и далее, а обследование на предмет годности к военной службе, должно быть проведено по истечении всех периодов нахождения на лечении.
То есть ВВК должна состояться после завершения лечения, оцениваться должно — насколько значительны нарушения функций Вашего организма, при подтверждении значительных нарушений возможна и постановка категории Д (не годен к воинской службе), но всё зависит от выводов врачей.
Если решение о ВВК после формального завершения лечения не будет принято, Вы имеете право сами требовать этого, подавать соответствующий рапорт по команде.
Если Вы будете на согласны с заключением ВВК, то имеете право обжаловать заключение в вышестоящую военно-врачебную комиссию или в суд.