Я выступаю в качестве покупателя земельного участка с недостроенным домом, который на кадастровом учете не состоит как в этом случае обезопасить себя?

Если Вы хотите, чтобы в договоре купли-продажи были указаны два объекта (земельный участок с расположенным на нем недостроенным домом), продавцу следует сначала зарегистрировать в ЕГРН право собственности на дом как объект незавершенного строительства, а затем уже — продавать оба объекта.