Добрый день!
Поскольку вы построили жилой дом (не коммерческую недвижимость), то очень сложно будет доказать, что вы использовали его в своей предпринимательской деятельности в качестве ИП. Если бы например, вы сдавали этот жилой дом в аренду и платили бы с аренды налог как ИП (от предпринимательской деятельности), то тогда при продажи дома можно было бы сделать вывод, что дом использовался в предпринимательской деятельности.
Конечно квалификация полученного ИП дохода от продажи недвижимости в том числе зависит того, заявляли ли Вы такой вид деятельности при регистрации ИП. Но это только один из факторов оценки правового характера доходов, полученных чфизлицом со статусом ИП. Нельзя исключать риск, что даже наличие такого вида деятельности при регистрации в ЕГРИП, но при отсутствии какой либо фактической предпринимательской деятельности с данным объектом с высокой долей вероятности не помешает налоговикам признать доход от продажи квартиры объектом обложения НДФЛ.
С учетом изложенного, при продаже дома, который находился в собственности менее 5 лет, вам потребуется заплатить НДФЛ по ставке 13%. В противном случае (при применении налогообложения как ИП со спецрежимами, например УСН 6%) возможно возникнут вопросы и разногласия с налоговыми органами о корректном порядке налогообложения в связи с невозможностью доказательства использования дома в предпринимательской деятельности.
