Можно ли взыскать с подрядчика сумму компенсации НДС, признанную нецелевым расходом?

Бюджетное образовательное учреждение заключило договор 24.06.2019 года на ремонт спортивного зала с подрядчиком ,который не является плательщиком НДС но при оплате в смете и акте выполненных работ была указана сумма как компенсация НДС. При проверке в ноябре 2022 года была выявлена сумма НДС и проверяющий написал как нецелевое использование бюджетных средств.Можно ли подать в суд на подрядчика в суд о возврате этой суммы и какой срок исковой давности в этой ситуации?