Имеет ли право следователь писать якобы рекомендательное письмо на имя моего работодателя, если на меня заведено уголовное дело, и с этим посылом письмо от следователя

Следователь написал представление, не вникнув в ситуацию.

Согласно ст.158 УПК РФ

Установив в ходе досудебного производства по уголовному делу обстоятельства, способствовавшие совершению преступления, дознаватель, руководитель следственного органа, следователь вправе внести в соответствующую организацию или соответствующему должностному лицу представление о принятии мер по устранению указанных обстоятельств или других нарушений закона. Данное представление подлежит рассмотрению с обязательным уведомлением о принятых мерах не позднее одного месяца со дня его вынесения.

И тут надо понимать, каким образом ваш нынешний работодатель относится к прошлому. Есть ли взаимосвязь.

Если дело ушло в суд и пришло представление  — обжалуйте его в порядке ст.123 УПК РФ в прокуратуру или ст.125 УПК РФ в суд как необоснованное.