После Валерия в наследство несколько лет назад вступил его сын - в собственность дом не оформлял

Анатолий, добрый день. 

В соответствии с п.2 ст.1152 ГК РФ

2. Принятие наследником части наследства означает принятие всего причитающегося ему наследства, в чем бы оно ни заключалось и где бы оно ни находилось.

Следовательно, Иван, Валерий и Людмила, приняв в наследство квартиру, приняли и дом. 

В соответствии с п.4 ст.1152 ГК РФ принятое наследство признается принадлежащим наследнику независимо от государственной регистрации прав, а значит сын Валерия, приняв в наследство другое его имущество, также принял и дом. Для оформления наследственных прав на дом сын Валерия должен обратиться к нотариусу, который вел наследственное дело после смерти Валерия и подать заявление о выдаче доп. свидетельства о праве на наследство после смерти своего отца (см. по данному вопросу п.2 ст.1162 ГК РФ). Из документов ему также потребуются правоустанавливающие документы на дом, либо, если права на бабушку были зарегистрированы, нотариус сам запросит выписку из ЕГРН, кроме того, он запросит сведения об оформлении наследства Валерием у того нотариуса, кто вел наследственное дело.

Как я понимаю, нужен какой-то официальный отказ от сына Валерия, даже если в собственность они на дом не вступали, и в описании наследства он не фигурирует? 

Нет, так как он принял что-то в наследство после смерти своего отца Валерия. А значит принял и долю в доме. Кроме того, отказ невозможен спустя 6 месяцев после даты открытия наследства (дня смерти) Валерия -см. п.2 ст.1157 ГК РФ.

И уже после выдачи доп.свидетельства сыну Валерия и регистрации прав на его имя Вы должны решать с ним вопрос о передаче Вам принадлежащей ему доли на основании какой-либо сделки (дарения, купли-продажи и т.д. — п.2 ст.218 ГК РФ.)

После Людмилы, моей мамы, ни я, ни сестра в наследство не вступали.

 А по доле моей мамы, на которую никто в наследство не вступил — нужно приглашать в суд представителя администрации города, чтобы они согласились, что не претендуют на долю как выморочную и не возражают против оформления доли на меня?

 Если Вы проживали в доме на день смерти своей мамы, то считаетесь принявшим наследство фактическими действиями (п.2 ст.1153 ГК РФ, п.36 Постановления Пленума ВС РФ от 29.05.2012 г №9 «О судебной практике по делам о наследовании»). Доказательствами тому могут быть сведения о Вашем рег.учете на дату смерти мамы. (домовая книга, например, или справка по форме №9 и т.д.). Также потребуется свидетельство о смерти мамы, свидетельство о Вашем рождении. Если регистрации у Вас не было, то следует устанавливать факт принятия наследства в судебном порядке. И да, администрация мун.образования будет ответчиком в деле.

Все подробности, детали, обсуждение нюансов, составление документов, их содержание -предмет индивидуальной консультации в чате.