Моя должность заместитель генерального директора, но я исполняю обязанности генерального директора по нотариально оформленной доверенности, так как она в декретном отпуске

Здравствуйте, Анна!

пишите заявление об увольнении с должности зам. директора, т.к. наделения правом действовать от имени организации (осуществлять полномочий директора) по доверенности не означает исполнение ее должностных обязанностей с т.зр. трудового законодательства.

Для пример по доверенности может от имени юр.лица действовать любой человек в принципе, даже не работающий в организации.

Более подробная консультация с разъяснением норм действующего законодательства и судебной практики относительно Вашего вопроса возможна в чате. Если Вам требуется помощь в составлении документов или желаете получить разъяснения по имеющимся у Вас документам  — это тоже возможно в чате. Услуги в чате оказываются на платной основе.