Законно ли определение об отказе в принятии искового заявления?

В ст. 382 Трудового кодекса РФ указано, «Индивидуальные трудовые споры рассматриваются комиссиями по трудовым спорам и судами, если иное не установлено настоящим Кодексом».

Соответственно, не вместо, а и комиссиями и судами.

Далее, по Вашей ситуации, ст. 390 Трудового кодекса РФ, а именно, «Решение комиссии по трудовым спорам может быть обжаловано работником или работодателем в суд в десятидневный срок со дня вручения ему копии решения комиссии».

Надо иметь ввиду, что в данной норме также указано, «В случае пропуска по уважительным причинам установленного срока суд может восстановить этот срок и рассмотреть индивидуальный трудовой спор по существу».