Здравствуйте, мобилизован с 5 октября, был отправлен в воинскую часть без медкомиссии со зрением - 5, поставили

Добрый день.

Вы с рапортом о проведении переподготовки обращались? в том числе и к вышестоящему командованию? 

Здравствуйте, Сергей!!!

у меня желание покинуть часть самовольно и начать обжаловать решение призывной комиссии самостоятельно через суд и военную прокуратуру

 В данном случае покинуть часть самовольно означает, что к Вас могут привлечь к уголовной ответственности по статьям 327 или 328 Уголовного кодекса Российской Федерации.

Так. в соответствии с частью 2.1 статьи 327 Уголовного кодекса Российской Федерации:

2.1. Самовольное оставление места службы, а равно неявка в срок без уважительных причин на службу продолжительностью свыше двух суток, но не более десяти суток, совершенные военнослужащим в период мобилизации либо в условиях вооруженного конфликта или ведения боевых действий — наказываются лишением свободы на срок до 5 лет

В тоже время, часть третья статьи 328 Уголовного кодекса Российской Федерации определяет, что дезертирство (самовольное оставление места службы для уклонения от военной службы):

совершенные в период мобилизации или военного положения, в военное время либо в условиях вооруженного конфликта или ведения боевых действий — наказываются лишением свободы на срок от 5 до 15 лет

Таким образом, не рекомендуем Вам оставлять часть, даже с целью защиты своих прав, так как это обернется гораздо более негативными последствиями, а попробовать воспользоваться консультацией, данной Вам выше (то есть — подачей рапортов и обжалованием в вышестоящие инстанции в случае отказа от их удовлетворения).