Порядок взыскания неустойки по договору НИР

Мы - юридическое лицо, Закон о защите прав потребителей к нам никакого отношения не имеет.

В соответствии со ст.769 ГК РФ:

1. По договору
на выполнение научно-исследовательских работ исполнитель обязуется
провести обусловленные техническим заданием заказчика научные
исследования, а по договору на выполнение опытно-конструкторских и
технологических работ — разработать образец нового изделия,
конструкторскую документацию на него или новую технологию, а заказчик
обязуется принять работу и оплатить ее.  

В соответстви со ст.773 ГК РФ:

Исполнитель в договорах на выполнение научно-исследовательских работ, опытно-конструкторских и технологических работ обязан: 

выполнить работы в
соответствии с согласованным с заказчиком техническим заданием и
передать заказчику их результаты в предусмотренный договором срок; 

Согласно ст. 720 ГК РФ:

1. Заказчик
обязан в сроки и в порядке, которые предусмотрены договором подряда, с
участием подрядчика осмотреть и принять выполненную работу (ее
результат), а при обнаружении отступлений от договора, ухудшающих
результат работы, или иных недостатков в работе немедленно заявить об
этом подрядчику. 
2. Заказчик,
обнаруживший недостатки в работе при ее приемке, вправе ссылаться на них
в случаях, если в акте либо в ином документе, удостоверяющем приемку,
были оговорены эти недостатки либо возможность последующего предъявления
требования об их устранении. 

Таким образом, если ваша организация приняла результат работы, подписала акт приема-передачи, тогда обязанность по передачи результата работы является исполненной и требовать выплаты неустойки за просрочку передачи результата работы вы не вправе.

Вместе с тем, если в акте-приема-передачи отражены недостатки работы, тогда вы вправе в дальнейшем ссылаться на них при предъявлении иных требований (ст. 723 ГК РФ).

Если же результат работы не был принят, тогда обязанность по передачи результата работы сохраняется и, в случае нарушения сроков передачи результата работы, неустойка будет начисляться.

Необходимо иметь ввиду, что результат работы должен отвечать соответствующим требованиям к его качеству, то есть исполнение должно быть надлежащим, в связи с чем, Заказчик вправе не принимать ненадлежащее исполнение, что соответствует общим положениям ст. 428 ГК РФ. В этом случае, бремя доказывания надлежащего исполнения лежит на исполнителе.

См. например:

Постановление ФАС Северо-Западного округа от 02.06.2006 N А56-23827/2005"… В соответствии со статьей 702
ГК РФ по договору подряда одна сторона (подрядчик) обязуется выполнить
по заданию другой стороны (заказчика) определенную работу и сдать ее
результат заказчику, а заказчик обязуется принять результат работы и
оплатить его.Обязанность оплатить результат работы возникает у заказчика при условии, что работа выполнена надлежащим образом (статья 711 ГК РФ).Однако,
из материалов дела видно, что акт приемки работ и справка о стоимости
выполненных работ от 26.02.04 на сумму 750402 руб. не подписаны
заказчиком; отказ от подписания актов, выраженный в письме от 10.03.04 и
акте по качеству работ, содержит указание на несоответствие качества
работ и их объема условиям договора.Таким
образом, при наличии мотивированного отказа заказчика от подписания
акта приемки выполненных работ бремя доказывания надлежащего качества
работ и соответствия их реального объема объему, приведенному в актах КС-2 и КС-3, возложено на подрядчика..."