Дмитрий, здравствуйте.
В соответствии со статьей 77 Градостроительного кодекса города Москвы (Закон г. Москвы от 25 июня 2008 года N 28), ранее действовали 12 Законов г. Москвы, регулирующих градостроительную деятельность в Москве, но положения тех ранее действующих Законов г. Москвы напрямую на ваш вопрос не отвечают.
Здесь необходимо обратиться к ранее действующему Земельному кодексу РСФСР (утв. ВС РСФСР 25.04.1991 N 1103-1), согласно статье 53 которого:
Собственники земельных участков, землевладельцы, землепользователи и арендаторы обязаны в том числе:
6) вести любое строительство, руководствуясь действующими строительными нормами и правилами по согласованию с землеустроительными, архитектурно — градостроительными, пожарными, санитарными и природоохранными органами. При аренде земли у местных Советов народных депутатов возводить жилые, производственные, культурно — бытовые и иные строения и сооружения в соответствии с целевым назначением земли, указанным в договоре, а при аренде земли у собственника — с согласия собственника.
Таким образом, под согласием собственника может подразумеваться заключение с ним дополнительного соглашения (ответ на ваш вопрос).
Ваш вопрос носит довольно абстрактный характер. Если бы вы разъяснили конкретно возникшую у вас ситуацию, можно было бы дать вам ответ на конкретно возникший вопрос с учетом действия законов во времени, поскольку в период с 1995 по 2003 годы одни правила могли прекратить своё действие, а другие — продолжать действовать. Также необходимо понимать, как в определенный момент времени взаимодействовали Законы г. Москвы, регламентирующие градостроительную деятельность, и Земельный кодекс РСФСР, а также Земельный кодекс РФ (с 2001 года).
Если вы не согласны с какими-либо действиями, бездействиями государственных органов, нарушающих ваши права, вы можете обжаловать их действие в установленном законом порядке, в том числе — в судебном порядке путем подачи административного искового заявления в порядке КАС РФ.
Далее дополню.
В дополнение к моему предыдущему ответу привожу полную цитату статьи 77 Градостроительного кодекса города Москвы (Закон г. Москвы от 25 июня 2008 года N 28):
Признать утратившими силу со дня вступления в силу настоящего Кодекса:
1) Закон города Москвы от 25 июня 1997 года N 28-51 «О защите прав граждан при реализации градостроительных решений в городе Москве»;
2) Закон города Москвы от 21 октября 1998 года N 26 «О регулировании градостроительной деятельности на территориях природного комплекса города Москвы»;
3) Закон города Москвы от 9 декабря 1998 года N 28 «О градостроительном зонировании территории города Москвы»;
4) Закон города Москвы от 1 декабря 1999 года N 41 «О внесении изменений в Закон города Москвы от 9 декабря 1998 года N 28 „О градостроительном зонировании территории города Москвы“;
5) Закон города Москвы от 3 октября 2001 года N 64 „О градостроительных нормативах и правилах города Москвы“;
6) Закон города Москвы от 12 февраля 2003 года N 5 „О внесении изменений в статьи 10, 14, 17 и 23 Закона города Москвы от 9 декабря 1998 года N 28 “О градостроительном зонировании территории города Москвы»;
7) Закон города Москвы от 12 февраля 2003 года N 6 «О внесении изменения в статью 3 Закона города Москвы от 3 октября 2001 года N 64 „О градостроительных нормативах и правилах города Москвы“;
8) Закон города Москвы от 2 апреля 2003 года N 20 „О порядке градостроительного планирования развития территорий административных округов, районов города Москвы“;
9) Закон города Москвы от 11 июня 2003 года N 41 „Об обеспечении благоприятной среды жизнедеятельности в период строительства, реконструкции, комплексного капитального ремонта градостроительных объектов в городе Москве“;
10) Закон города Москвы от 9 июля 2003 года N 50 „О порядке подготовки и получения разрешений на строительство, реконструкцию градостроительных объектов в городе Москве“;
11) Закон города Москвы от 3 марта 2004 года N 13 „Об основах градостроительства в городе Москве“;
12) Закон города Москвы от 5 июля 2006 года N 34 „О внесении изменений в Закон города Москвы от 9 июля 2003 года N 50 “О порядке подготовки и получения разрешений на строительство, реконструкцию градостроительных объектов в городе Москве» и Закон города Москвы от 3 марта 2004 года N 13 «Об основах градостроительства в городе Москве».
Дополняю ответ с учетом Вашего уточнения от 06.11.2022.
До вступления в силу Закона города Москвы от 9 июля 2003 года N 50 „О порядке подготовки и получения разрешений на строительство, реконструкцию градостроительных объектов в городе Москве“ регламентированного порядка согласования строительства и реконструкции не существовало, процедура согласования производилась исходя из общих норм земельного и градостроительного законодательства, действовавшего в тот период.
Согласно статье 13 Закона города Москвы от 9 июля 2003 года N 50 „О порядке подготовки и получения разрешений на строительство, реконструкцию градостроительных объектов в городе Москве“:
Для более точного ответа на вопрос желательно ознакомиться с договором аренды земельного участка и другими документами, которые у вас имеются на земельный участок. Если договором аренды предусмотрено право на реконструкцию существующего здания, тогда требование о предоставлении дополнительного соглашения можно попытаться оспорить.
Если же такого права в договоре аренды не предусмотрено, тогда любое существенное изменение при использовании земельного участка, в том числе реконструкция здания, должно быть согласовано с арендодателем земельного участка, т.к. реконструкция здания без согласования с собственником земельного участка может повлечь для него (собственника — арендодателя) определенные правовые последствия, связанные с тем, что изменение реконструкция здания на арендуемом земельном участке может при определенных обстоятельствах быть признанной неотделимым улучшением, что повлечет для арендатора правовые последствия, предусмотренные пунктами 2, 3 статьи 623 Гражданского кодекса РФ (возмещение стоимости неотделимых улучшений).
Тут еще вопрос в том — в связи с чем ДГИ требует от вас такое дополнительное соглашение. Если в связи с предстоящим иском о приведении здания в первоначальное состояние — это 1 вопрос, и следует готовиться проводить в судебном порядке строительно-техническую экспертизу и заявлении встречного иска о признании права на объект в измененном состоянии (при условии, что все СНиПы и процедуры согласования, за исключении в Вашем случае согласования с Москомземом, соблюдены).
Если же вы сами пытаетесь оформить здание в реконструированном виде, то я бы на вашем месте требовал от ДГИ письменного ответа, на основании какого нормативно-правового акта они отказывают или ограничивают вас в процедуре оформления реконструкции здания.
Но опять же повторюсь, что первичным являются условия договора аренды земельного участка, а также вид разрешенного использования земельного участка.