Здравствуйте, скажите пожалуйста, могу ли я мать пройти в военкомат с сыном

Пойти сможете но присутствовать на призывной комиссии вряд ли. 

Военкомат вправе не разрешить вам присуствовать вместе с сыном на заседании призывной комиссии.
Ваше желание, как матери, помочь сыну и оградить его от возможных проблем вполне объяснимо, однако в силу ст. 64 Семейного кодеса РФ вы являлись законным представителем сына и имели право выступать в защиту его прав и интересов в отношениях с любыми физическими и юридическими лицами, в том числе в судах, без специальных полномочий только до достижения сыном совершеннолетия.