Юлия, добрый день!
Скорее всего, ваш работник привлечен в аппарат усиления военкомата. Такому работнику должен быть выдан соответствующий документ (тоже повестка, только иного содержания). Работник на период выполнения такой гособязанности освобождается от выполнения трудовых обязанностей и ему выплачивается средний заработок (ст. 165, 170 ТК РФ).
В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 01.12.2004 N 704 «О порядке компенсации расходов, понесенных организациями и гражданами Российской Федерации в связи с реализацией Федерального закона „О воинской обязанности и военной службе“ расходы организаций, связанные с выплатой среднего заработка (стипендии, пособия) с учетом соответствующих начислений на фонд оплаты труда по месту постоянной работы для работающих граждан, подлежат компенсации.
Для целей возмещения расходов вам необходимо выставить военкомату счет (счет-фактуру).
Всего хорошего вам.