Добрый день, Ольга.
А если бы Вы забыли электронный пропуск в обычный рабочий день, что, Вам бы за этот день не выплатили бы зарплату ? Ведь кроме электронного учёта существует (и их никто не отменял) табеля учёта рабочего времени на бумажных носителях, и есть должностные лица (как правило — непосредственный руководитель рядового исполнителя (рабочего или служащего), которые эти табеля должны заполнять, убедившись, что работник был на работе.
Для начала — напишите руководителю докладную записку с изложением обстоятельств, имеющих существенное значение: в какое время прибыли на работу, чьим электронным пропуском воспользовались для прохода через турникет, укажите свидетелей при этом присутствующих, а главное — продемонстрировать объём выполненной в тот день работы, указать вместе с кем Вы её выполняли. Это примерные рекомендации, для более конкретных советов необходимо хоть приблизительно знать специфику Вашей деятельности.