Добрый день, Валерий Николаевич
Ответ зависит от того требуется ли для вашего оформления нотариальное оформление.
Если сделки будут происходить именно с долями, а не сразу со всей квартирой (то есть сестры обмениваются долями через договор мены, или дарят друг другу доли), то в этом случае договор(ы) подлежат нотариальному удостоверению. А нотариус может удостоверять только сделки в своем регионе, поэтому в таком случае в Брянске оформить не получится.
Если сестры дарят/продают квартиру кому-то третьему по одному договору, то нотариальное удостоверение не требуется и сделки можно оформить в Брянске