Елена, здравствуйте!
Ваш сын после увольнения может подать иск о взыскании компенсации морального вреда с военного комиссариата (фактически военный комиссариат является территориальным органом Министерства обороны РФ).
Подавая иск следует требовать признать решение призывной комиссии о годности к службе незаконным и компенсацию морального вреда, а также расходы на представителя и оплату государственной пошлины.
Перед обращение в суд можно подать жалобу в военную прокуратуру. В случае, если будут выявлены нарушения законодательства со стороны военкомата, то материалы проверки можно вложить в основу иска.