Или можно по факту проведения доследственной проверки выделить уголовное дело из основного?

В соответствии с ч. 1 ст. 155 УПК РФ, в случае если в ходе предварительного расследования становится известно о совершении иными лицами преступления, не связанного с расследуемым преступлением, следователь выносит постановление о выделении материалов, содержащих сведения о новом преступлении, из уголовного дела и направлении их для принятия решения в соответствии со статьями 144 и 145 УПК РФ. При этом в соответствии с ч. 2 данной статьи, материалы, содержащие сведения о новом преступлении и выделенные из уголовного дела в отдельное производство, допускаются в качестве доказательств по данному уголовному делу.