Могут ли отказать в гражданстве из-за этого?

Здравствуйте Аля. Обратимся к пункту 2 статьи 11 Федерального закона от 25.07.2002 № 115-ФЗ  «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации»:

2. Временно проживающий в Российской Федерации иностранный гражданин не вправе по собственному желанию изменять место своего проживания в пределах субъекта Российской Федерации, на территории которого ему разрешено временное проживание, или избирать место своего проживания вне пределов указанного субъекта Российской Федерации.

На основании изложенного, Ваше проживание в субъекте, отличном от места регистрации уже является нарушением законодательства. При этом, статья 18.8 КоАП РФ устанавливает административную ответственность за нарушение иностранным гражданином или лицом без гражданства правил въезда в Российскую Федерацию либо режима пребывания в Российской Федерации.

Далее, положения статьи 16 Федерального закона от 31.05.2002 № 62-ФЗ «О гражданстве Российской Федерации» содержат перечень обстоятельств, при наличии которых решение о предоставлении гражданства РФ будет отрицательным: 

1. Отклоняются заявления о выдаче уведомления о возможности приема в гражданство Российской Федерации, о приеме в гражданство Российской Федерации и о восстановлении в гражданстве Российской Федерации, поданные лицами, которые:
г) имеют ограничения на въезд в Российскую Федерацию в связи с тем, что они подвергались административному выдворению за пределы Российской Федерации, депортации или передавались Российской Федерацией иностранному государству в соответствии с международными договорами Российской Федерации о реадмиссии, либо в связи с принятием в отношении лица решения о нежелательности пребывания (проживания) в Российской Федерации (до истечения установленных сроков ограничения на въезд в Российскую Федерацию);

Далее я продолжу в ответах ниже

Здравствуйте,

Уточните, Вы уже получили уведомление о получении  гражданства РФ и обращаетесь за получением паспорта гражданина РФ или только подаете документы на приём в гражданство РФ?

Это разные вещи.

То что Вы проживаете не по месту регистрации, это, конечно, не очень хорошо. И в случае выявления этого факта, Вы можете быть привлечены к административной ответственности по 18.8 КоАП (если Вы ещё иностранный гражданин и не получили гражданство РФ)

Но это в любом случае, не является основанием для отказа Вам в приеме в гражданство РФ (если вопрос в этом), либо отмены Вашего гражданства РФ (если уведомление о приеме уже получено).

Исчерпывающий перечень оснований для отказа в приеме гражданства содержится в ст 16 ФЗ «О гражданстве Российской Федерации» от 31.05.2002 N 62-ФЗ

http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_36927/f2e29901dbcb7c2dab8c98a61dec72cf0116ddf5/

и оснований для отмены в  гражданстве РФ в ст.41.8 

http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_36927/fd9a9768d568daee3c793a26612750994f796d20/

Таким образом, нет оснований для отказа в приеме в гражданство РФ или отмене решения о гражданстве РФ. Но есть вероятность привлечения к административной ответственности.