при этом владеем им более 3х лет) те получается НДФЛ не платим по этому договору?

Руслан добрый день! 

Возможно составление одного договора, в котором Вы определите стоимость земельного участка и дома. 

Гражданский кодекс РФ не предусматривает, что при заключении договора купли-продажи земельного участка и строения на нем (дома) стороны договора обязаны отдельно выделить стоимость каждого объекта, однако для получения продавцом земельного участка и дома имущественного налогового вычета по НДФЛ от продажи указанных объектов недвижимости рекомендуемым является выделение стоимости каждого из реализуемых объектов недвижимости.

В силу п. 1 ст. 552 ГК РФ по договору продажи здания, сооружения или другой недвижимости покупателю одновременно с передачей права собственности на такую недвижимость передаются права на земельный участок, занятый такой недвижимостью и необходимый для ее использования.

Если иное не предусмотрено законом или договором продажи недвижимости, установленная в нем цена здания, сооружения или другого недвижимого имущества, находящегося на земельном участке, включает цену передаваемой с этим недвижимым имуществом соответствующей части земельного участка или права на нее (п. 2 ст. 555 ГК РФ).

На основании п. 4 ст. 35 Земельного кодекса РФ отчуждение здания, сооружения, находящихся на земельном участке и принадлежащих одному лицу, проводится вместе с земельным участком

НК РФ не содержит механизма определения стоимости объектов недвижимого имущества, проданных без разделения их стоимости в договоре купли-продажи.

Подтвердить стоимость проданного жилого дома в общей стоимости проданного земельного участка вместе с жилым домом возможно на основании отчета независимого оценщика, составленного в соответствии с Федеральным законом от 29.07.1998 N 135-ФЗ «Об оценочной деятельности в Российской Федерации», при условии отражения определенной таким образом стоимости в договоре купли-продажи.