На сколько законно его поведение?

Списание пени в безакцептном порядке является неправомерным.

Вопрос по сумме пени является спорным, и может быть оспорен в суде как по самому существу взыскания пени, таки и по периоду взыскания и по сумме.

В связи с этим заказчик обязан был первоначально направить исполнителю претензию с указанием на просрочку выполнения работ и требованием о взыскании пени с приложением расчета пени, а исполнитель вправе возражать относительно обоснованности предъявленных требований.

При недостижении согласия по данному вопросу заказчик вправе обратиться с иском в суд, предъявив суду также доказательство соблюдения им претензионного порядка рассмотрения спора, который является обязательным по денежным требованиям.

Вы вправе оспорить безакцептное списание пени сначала в претензионном, затем в исковом порядке.

По вопросу приостановки работ надо руководствоваться условиями договора — предусмотрено ли в нем право исполнителя на это.