Добрый день.
В описанной Вами ситуации суд, безусловно, прав.
Муниципальное предприятие — это организация, созданная с целью получения прибыли, но не имеющая права собственности на переданное ей в пользование имущество. Им владеет государство, муниципальный орган или другая организация.
ч.1 ст. 160 УК
1. Присвоение или растрата, то есть хищение чужого имущества, вверенного виновному,
ч. 1 ст. 201 УК
Использование лицом, выполняющим управленческие функции в коммерческой или иной организации,своих полномочий вопреки законным интересам этой организации и в целях извлечения выгод и преимуществ для себя или других лиц либо нанесения вреда другим лицам, если это деяние повлекло причинение существенного вреда правам и законным интересам граждан или организаций либо охраняемым законом интересам общества или государства
Таким образом, директор предприятия нанёс ущерб охраняемым законом интересам общества или государства.
Суд — прав.