Добрый день, подскажите пожалуйста, ООО на ОСНО, хотим приобрести автомобиль для физического лица (он же

Здравствуйте!

Но получается, у ген.дирктора будет задолженность перед ООО.

да, но иначе при безвозмездной передачи ему ТС или простой оплаты оплаты ЮЛ ТС за него у ген. директора возникает налогооблагаемый НДФЛ доход в натуральной форме согласно ст.211 НК

2. К доходам, полученным налогоплательщиком в натуральной форме, в частности, относятся:
1) оплата (полностью или частично) за него организациями или индивидуальными предпринимателями товаров (работ, услуг) или имущественных прав, в том числе коммунальных услуг, питания, отдыха, обучения в интересах налогоплательщика;
…
2) полученные налогоплательщиком товары, выполненные в интересах налогоплательщика работы, оказанные в интересах налогоплательщика услуги на безвозмездной основе или с частичной оплатой;

Если делать договор займа, это не будет считаться прибылью для ген.директора

 нет, не будет, если займ процентный и проценты по рублевому займу не ниже 2/3 действующей ставки рефинансирования, установленной ЦБ, в противном случае образуется налогооблагаемый НДФЛ доход в виде материальной выгоды согласно ст.212 НК.