унаследованной от отца - с 2006-го или с 2022-го года?

Здравствуйте!

Квартира приватизирована в 1992 году в совместную собственность троих граждан (родители и сын), имеется Регистрационное удостоверение

 раньше права регистрировали не в ФРС, а БТИ/рег. палате, о чем на договорах ставилась отметка, поэтому право собственности, судя по всему зарегистрировано по действовавшему в тот период законодательству.

сейчас требует оформить надлежащим образом наследство и в соответствии со ст.69 Федерального закона от 13.07.2015 N 218-ФЗ «О государственной регистрации недвижимости» произвести их регистрацию в ФРС.

2. Права на объекты недвижимости, возникающие в силу закона (вследствие обстоятельств, указанных в законе, не со дня государственной регистрации прав), признаются юридически действительными при отсутствии их государственной регистрации в Едином государственном реестре недвижимости. Государственная регистрация таких прав в Едином государственном реестре недвижимости осуществляется по заявлениям правообладателей, решению государственного регистратора прав при поступлении от органов государственной власти и нотариусов сведений, подтверждающих факт возникновения таких прав, кроме случаев, установленных федеральными законами.

С какой даты будет исчисляться сроки владения долями: — сына — с 1992 или с 2022-го года? — унаследованной от отца — с 2006-го или с 2022-го года?

 срок владения исчисляется с 1992 года, т.е. с момента когда Вы стали изначально собственником, а последующие изменения состава режима собственности и/или размера долей на срок владения не влияет.

письмо Минфина от 4 марта 2015 г. N 03-04-05/11207, от 7 мая 2015 г. N 03-04-05/26531, от 15 мая 2018 г. N 03-04-05/32335

Таким образом, изменение вида собственности (с общей совместной на общую долевую), а также изменение размера долей в праве собственности на квартиру, не прерывает срок нахождения указанного имущества в собственности налогоплательщика.

таким образом, учитывая все изложенное НДФЛ платить не придется, а ФНС в случае вопросов надо будет предоставить пояснения и документы, в частности копию договора приватизации и регистрационное удостоверение