Нужно ли нашей организации удерживать сумму налога НДФЛ по агентскому договору с физическим лицом?

1. Должны ли мы удерживать из суммы агентского вознаграждения НДФЛ и перечислять его в соответствующие фонды?
Да должны — из всех видов гражданско-правовых договоров с физлицами.
2. Так же интересует облагается ли эта сумма агентского вознаграждения налогу с ФОТ. 
— Нет не облагается, вы платите вознаграждение не из сумм ФОТ.
3. Есть ли какие-либо законные способы избежать этих выплат нашей организацией? Если да, то какие? — зарплата в конверте или физлицо регистрируется в качестве ИП.

1. По первому вопросу: п.1 и п.2 ст.226 — да должны.

1. Российские организации, индивидуальные предприниматели, нотариусы, занимающиеся частной практикой, адвокаты, учредившие адвокатские кабинеты, а также обособленные подразделения иностранных организаций в Российской Федерации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в пункте 2 настоящей статьи, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со статьей 224 настоящего Кодекса с учетом особенностей, предусмотренных настоящей статьей. Налог с доходов адвокатов исчисляется, удерживается и уплачивается коллегиями адвокатов, адвокатскими бюро и юридическими консультациями.

2. Исчисление сумм и уплата налога в соответствии с настоящей статьей производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент, за исключением доходов, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со статьями 214.1, 214.3, 214.4, 214.5, 227, 227.1 и 228 настоящего Кодекса с зачетом ранее удержанных сумм налога.

2. По второму вопросу:

п. 21 ч. 2 ст. 255 НК РФ: 

К расходам на оплату труда в целях настоящей главы относятся, в частности:

21) расходы на оплату труда работников, не состоящих в штате организации-налогоплательщика, за выполнение ими работ по заключенным договорам гражданско-правового характера (включая договоры подряда), за исключением оплаты труда по договорам гражданско-правового характера, заключенным с индивидуальными предпринимателями;

и ч. 1 ст. 7 Федерального закона от 24.07.2009 N 212-ФЗ:

Статья 7. Объект обложения страховыми взносами для плательщиков страховых взносов, производящих выплаты и иные вознаграждения физическим лицам
1. Объектом обложения страховыми взносами для плательщиков страховых взносов, указанных в подпунктах «а» и «б» пункта 1 части 1 статьи 5 настоящего Федерального закона, признаются выплаты и иные вознаграждения, начисляемые плательщиками страховых взносов в пользу физических лиц в рамках трудовых отношений и гражданско-правовых договоров, предметом которых является выполнение работ, оказание услуг, по договорам авторского заказа, в пользу авторов произведений по договорам об отчуждении исключительного права на произведения науки, литературы, искусства, издательским лицензионным договорам, лицензионным договорам о предоставлении права использования произведения науки, литературы, искусства, в том числе вознаграждения, начисляемые организациями по управлению правами на коллективной основе в пользу авторов произведений по договорам, заключенным с пользователями (за исключением вознаграждений, выплачиваемых лицам, указанным в пункте 2 части 1 статьи 5 настоящего Федерального закона). Объектом обложения страховыми взносами для плательщиков страховых взносов, указанных в подпункте «а» пункта 1 части 1 статьи 5 настоящего Федерального закона, признаются также выплаты и иные вознаграждения, начисляемые в пользу физических лиц, подлежащих обязательному социальному страхованию в соответствии с федеральными законами о конкретных видах обязательного социального страхования.

3. Законных нет. Самый лучший и экономичный
вариант в будущем — это заключать гражданско-правовой договор с
Индивидуальным предпринимателем, так как ИП уплачивает налоги и страховые
взносы самостоятельно.

Здравствуйте, Илья!

1. Должны ли мы удерживать из суммы агентского вознаграждения НДФЛ и перечислять его в соответствующие фонды?

Да, должны.В соответствии с п. 2 ст. 226 Налогового кодекса исчисление сумм и уплата налога, в соответствии с данной статьей, производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент, за исключением доходов, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со ст. ст. 214.1, 214.3, 214.4, 214.5, 227, 227.1 и 228 Кодекса.

2. Так же интересует облагается ли эта сумма агентского вознаграждения налогу с ФОТ.

Нет, не облагается. Фонд оплаты труда и вознаграждение по агентскому догоовру никак не связаны.

3. Есть ли какие-либо законные способы избежать этих выплат нашей организацией? Если да, то какие?

К сожалению, нет. 

С уважением!