Здравствуйте.
В первую очередь сейчас Вам нужно осуществить отчисление, дабы сумма, на которую ВУЗ считает возможным начислять пени, зафиксировать и не позволить ей увеличиться. А далее уже необходимо разбираться с причиной, по которой Вас не отчислили, так как вероятен и тот сценарий, что заявление было с ошибками или не попало к уполномоченному должностному лицу.
В любом случае, если Вы фактически перестали учиться, за этот период Вы не обязаны платить, однако в суде, если туда обратится учебное заведение (без суда взыскать с Вас ничего в любом случае они не смогут), придется доказывать, что Вы действительно прекратили учиться в указываемый период, что заявление Вам подавалось.
Можете также обратиться с жалобой в Рособрнадзор, возможно, это поможет и окажет воздействие на ВУЗ.
Удачи.