Добрый день, Анастасия. Исходя из Вашей формулировки не вполне ясна ситуация.
Во-первых, работодатель не мог Вас уволить в период временной нетрудоспособности (если только Вы не писали соответствующее заявление). Если таковое произошло, Вам необходимо обращаться в суд для восстановления Вам на работе и выплате всех компенсаций.
Во-вторых, Вам необходимо сдать больничный работодателю, для его последующего отправления в ФСС и выплате Вам пособия по временной нетрудоспособности, которое выплачивается в течение 10 дней с момента поступления документов от работодателя.
Заработная плата выплачивается Вам за фактически отработанное время, соответственно в период больничного она не начислялась.