Здравствуйте Олеся!
Постановление Правительства РФ от 12.06.2008 N 455 (ред. от 07.03.2016) «О порядке компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно для лиц, работающих в федеральных государственных органах, государственных внебюджетных фондах Российской Федерации, федеральных государственных учреждениях, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, и членов их семей»
В соответствии с п.7 «При отсутствии проездных документов компенсация расходов производится при документальном подтверждении пребывания работника учреждения и членов его семьи в месте использования отпуска (при наличии документов, подтверждающих пребывание в гостинице, санатории, доме отдыха, пансионате, кемпинге, на туристической базе, а также в ином подобном учреждении или удостоверяющих регистрацию по месту пребывания) на основании справки транспортной организации о стоимости проезда по кратчайшему маршруту следования к месту использования отпуска и обратно в размере минимальной стоимости проезда»:
Таким образом расчет по кратчайшему пути применяется, только в случае отсутствия проездных документов. Если проездные документы есть оплата производится по проездным документам.