Моя супруга живет в студенческом общежитии с 1998 года, ( с того времени и по сегодняшний день жена

Добрый день Сергей, к сожалению могут, поскольку на данный момент получается что ваша супруга самоуправно занимает жилое помещение. Согласно ст. 99 ЖК РФ она может быть выселена без предоставления жилого помещения в порядке установленном ст. 90 ЖК РФ.. Считаю что вам в скорейшем порядке нужно восстановить ордер и обратиться к собственнику жилого помещения для заключения договора социального найма жилого помещения. Поскольку вы сказали, что появился новый собственник на праве оперативного управления, то я могу предположить что настоящим собственником занимаемого вами жилья всё таки является государство или муниципалитет. Гражданский кодекс РФ предусматривает, что имущество на праве оперативного управления может передаваться казенному предприятию и учреждению.

Чтобы восстановить ордер нужно подать заявление региональной администрации по месту расположения недвижимого объекта, где хранятся данные о выдаче ордера, и есть записи из домовой книги, вместе с копиями и корешками документов, при наличии ордера и штампа в паспорте о прописке вас не выселят. Далее будете уже оформлять договор социального найма, либо, по возможности приватизировать комнату.
Если же в региональной администрации сведений нет единственным выходом будет заключение договора социального найма.