И не будет ли проблем у подруги если она продаст машину за стоимость ниже рыночной?

Здравствуйте, Валерия! 

Вы можете указать ту же стоимость, за которую автомобиль был продан. В этом случае у продавца не возникнет дохода и обязанности по уплате налога.

Согласно п. 2 ч. 2 ст. 220 НК РФ 

вместо получения имущественного налогового вычета в соответствии с подпунктом 1 настоящего пункта налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества.

Соответственно, можно предоставить документы, подтверждающие сумму фактически понесенных расходов и нивелировать, таким образом, налогооблагаемую сумму. 

Здравствуйте. Валерия. Поскольку 

продала подруге машину за 1 миллион рублей.

а сейчас

 хочу выкупить ее обратно.

то 

Какую сумму прописать в договоре, что б обойтись без налогов. 

ту же самую, за которую вы продали ей первично.

И не будет ли проблем у подруги если она продаст машину за стоимость ниже рыночной?

Какие именно проблемы вы имеете в виду? 

В указанном вами случае автомобиль должен быть битым, к примеру, или иметь иные дефекты. Так же нужно понимать, в каких целях вы намерены совершать такой шаг, если речь в рамках предстоящего банкротства,  скажем, то рекомендую начать консультацию именно в разрезе этого обстоятельства, поскольку сделки могут быть отменены, если будет установлено в процессе банкротства,  что  имеет место быть вывод имущества должником и тд.

Федеральный закон от 26.10.2002 N 127-ФЗ  «О несостоятельности (банкротстве)» 

Статья 61.2. Оспаривание подозрительных сделок должника http://www.consultant.ru/docum...