Добрый день. Ничего не мешает Вам подать и то, и другое. Вам обязаны установить алименты в 50% от доходов супруга, которые будут делиться пополам, соответственно бывшей жене достанется 25%.
Если её иск еще не рассмотрели, заявите о наличии у вас детей. Если уже рассмотрели, можно подать иск об изменении размера алиментов, заявив уже в этом процессе о том, что у вас тоже двое детей.
Если же это не поможет, тогда просто подавайте на алименты сами, лучше через судебный приказ. Вам тогда выпишут 25% на одного ребёнка, 25% на второго ребёнка, всё это отнесёте приставу и пусть они уже там считают, кому сколько.