Здравствуйте,
Выделять долю в недвижимости фактическогму отцу ребёнка в данном не нужно. Супругами на момент когда возникло право на средства маткапитала, ни на момент выделения долей Вы не были.
Федеральный закон от 29 декабря 2006 г. N 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» (с изменениями и дополнениями)
Статья 10. Направление средств материнского (семейного) капитала на улучшение жилищных условий.
4. Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязан оформить жилое, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части) материнского (семейного) капитала, в общей собственности такого лица, его супруга (супруги), детей (в том ) первого первого второго третьего ребенка и детей) с определением размера долей по соглашению.
Верховный суд РФ высказал правовую позицию по этому поводу в Определении от 31.01.2017 # 24-ГК16-22
лицо, не состоящее в зарегистрированном браке с матерью ребенка — получательницей материнского капитала, не имеет права на долю в недвижимости, приобретенной за счет данных средств, даже если отношения между ними фактически являются брачными.
Таким образом, Вы не обязаны выделять долю в недвижимости фактическому отцу ребенка