Здравствуйте, Ирина!
За земельный участок налог не платится, так как находится в Вашей собственности свыше 5 лет (ст.217.1 Налогового кодекса РФ).
Поэтому Вы можете распределить цену 2,5 млн. между з/у и недостроем, указав например, что цена з/у 2,250 млн., а цена недостроя — 250 тыс. Правда, при этом цена недостроя не может быть менее 70% от его кадастровой стоимости (ст.214.10 НК РФ).
Либо Вы можете продать один участок без оформления недостроя, налог не платится, а недострой оформит новый хозяин, так как обязанности регистрировать право собственности на объект незавершенного строительства у Вас нет.
Надеюсь, мой ответ помог Вам разобраться в ситуации. Если у Вас остались нерешенные вопросы или имеется необходимость в подготовке юридических документов (исков, жалоб, заявлений, претензий, договоров и др.), то можете обратиться ко мне в чат за получением профессиональной персональной консультации. Минимальные тарифы установлены правилами сайта.
С наилучшими пожеланиями, Роман Артемьев.
Тогда остается только собирать документы, подтверждающие расходы на постройку недостроя, на эту сумму можно уменьшить доходы от продажи. Если расходы не удастся подтвердить, то тогда только на 250 тыс. можно уменьшить как продажа иного имущества.