Добрый день.
Если Вы при обучении в магистратуре берете академический отпуск впервые, то у Вас сохраняется право на отсрочку. По смыслу ст. 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» получение отсрочки при обучении по программе бакалавриата и по программе магистратуры осуществляется независимо друг от друга.
В силу этого действует правило
Право на отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином по основаниям, предусмотренным настоящим абзацем, только при условии, если общий срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в данной образовательной организации или в образовательной организации, из которой осуществлен перевод, не увеличивается или увеличивается не более чем на один год;
В этом случае увеличение продолжительности обучения не более чем на год предполагается отдельно для каждого уровня образования (бакалавриата и магистратуры).