Добрый день!
Согласно пункта 52.Постановления Правительства РФ от 21.12.209 № 1764 В случае если замена двигателя не связана с внесением изменений в конструкцию транспортного средства, внесение сведений в государственный реестр транспортных средств о его номере осуществляется регистрационным подразделением при производстве регистрационных действий на основании результатов осмотра.
В случае если замена двигателя связана с внесением изменений в конструкцию транспортного средства, внесение сведений в государственный реестр транспортных средств о его номере осуществляется регистрационным подразделением при производстве регистрационных действий на основании свидетельства о соответствии транспортного средства с внесенными в его конструкцию изменениями требованиям безопасности.
Из изложенного следует вывод, что регистрация двигателя может быть осуществлена при очередных регистрационных действиях автомобиля. Однако в каждом МРЭО ГИБДД по своему воспринимают данное постановление. В данном случае Вам необходимо уточнить в ГИБДД как правильно это сделать.