Анна, здравствуйте!
1. Не выплата заработной платы не является уголовно наказуемым деянием. У Вас частно-правовой спор, который решается через суд. Собственно Вам и отказали в возбуждении уголовного дела по причине отсутствия состава преступления.
2. На прокуратуре лежит социальная нагрузка в виде представления интересов работников в судах. Соответственно Вы можете обратиться в прокуратуру и прокурор будет ходить по судам и взыскивать Вашу зарплату. Также Вы можете самостоятельно это делать без участия прокуратуры.
Статья 45 ГПК РФ
1. Прокурор вправе обратиться в суд с заявлением в защиту прав, свобод и законных интересов граждан… Заявление в защиту прав, свобод и законных интересов гражданина может быть подано прокурором только в случае, если гражданин по состоянию здоровья, возрасту, недееспособности и другим уважительным причинам не может сам обратиться в суд. Указанное ограничение не распространяется на заявление прокурора, основанием для которого является обращение к нему граждан о защите нарушенных или оспариваемых социальных прав, свобод и законных интересов в сфере трудовых (служебных) отношений и иных непосредственно связанных с ними отношений…
3. Если в решении Арбитражного суда установлены какие-то факты в отношении ответчика, то Вы можете ссылаться на такое решение в суде общей юрисдикции.