Как облагаются налогом на прибыль доходы иностранного экспедитора?

Добрый день. В данном случае Вы совершенно верно привели нормы «Соглашение между Правительством Российской Федерации и Правительством Литовской Республики об избежании двойного налогообложения и предотвращении уклонения от уплаты налогов в отношении налогов на доходы и капитал» относительно термина международная перевозка в рамках указанного соглашения 

означает любую перевозку морским или воздушным судном, эксплуатируемым предприятием одного Договаривающегося Государства

Расширительному толкованию данная норма не подлежит. Поэтому, исходя из того что 

ГРУЗ едет автомобильным транспортом!!

Ваш случай не будет подпадать под действие указанного соглашения, поэтому применимы общие требования НК. 

В силу пп.8 п.1 ст.309 НК доход от международной перевозки получаемый Литовским перевозчиком отнесен к доходам  от источников в Российской Федерации и в силу п.1.1 той же статьи подлежат обложению налогом, удерживаемым у источника выплаты доходов http://www.consultant.ru/docum...

Налоговая ставка в соответствии со ст п.2 ст. 284 НК составляет 

2) 10 процентов — от использования, содержания или сдачи в аренду (фрахта) судов, самолетов или других подвижных транспортных средств или контейнеров (включая трейлеры и вспомогательное оборудование, необходимое для транспортировки) в связи с осуществлением международных перевозок.

http://www.consultant.ru/docum...

Вы, как налоговый агент и источник выплаты дохода обязаны удержать указанный налог с выплат и  перечислить его в бюджет — статья 310 НК http://www.consultant.ru/docum...

Все остальные моменты могут быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате

С уважением Евгений Беляев

Здравствуйте.

В отношениях между Российской Федерацией и Литовской Республикой действует Соглашение об избежании двойного налогообложения и предотвращении уклонения от уплаты налогов в отношении налогов на доходы и капитал от 29.06.99 г.
Согласно ст. 8 указанного Соглашения прибыль, полученная предприятием Договаривающегося Государства от эксплуатации морских или воздушных судов в международных перевозках, подлежит налогообложению только в этом Государстве.
Пп. «g» п. 1 ст. 3 Соглашения определено, что термин «международная перевозка» означает любую перевозку морским или воздушным судном, эксплуатируемым предприятием одного Договаривающегося Государства, кроме случаев, когда морское или воздушное судно эксплуатируется исключительно между пунктами в другом Договаривающемся Государстве.
Следовательно, положения ст. 8 вышеуказанного соглашения не распространяются на осуществление международных перевозок автомобильным транспортом, а значит, налогообложение доходов от международных автоперевозок литовской организации осуществляется в соответствии с российским налоговым законодательством.
То есть, если литовская организация не осуществляет свою деятельность на территории РФ через постоянное представительство, то согласно пп.8 п.1 ст. 309 НК РФ доходы от осуществляемых ею международных перевозок относятся к доходам от источников в РФ и подлежат обложению налогом на прибыль, удерживаемым у источника выплаты в РФ, по ставке, предусмотренной п.1 ст. 310 и пп. 2 п.2 ст. 284 НК РФ, то есть 10%.
По этому поводу есть раъяснение в довольно стареньком письме Минфина России от 12.08.2005 N 03-08-05, 

https://zakonrus.ru/transp/pmf...

но оно продолжает быть актуальным и по настоящее время. Хотя оно относится к отношениям по автоперевозкам между организациями РФ и ФРГ, ввиду того, что Соглашения об устранении двойного налогообложения между РФ и ФРГ и РФ и Литвой в указанной части аналогичны, указанное разъяснение можно применять и при регулировании налоговых отношений в ходе оказания услуг по автоперевозкам со стороны литовской организации.