Через какое время я должен освободить служебное жилье?

Здравствуйте Семен! 

Как я понял Вы продолжаете службу по контракту. Вы хоть и приобрели квартиру по военной ипотеке, но реально использовать ее не можете в силу ремонта. Вы пишите что в договоре есть пункт, где написано «при освобождении жилого помещения сдать его в течении 3х дней». Но ведь фактически Вы квартиру не освободили. Это означает что трех дневный срок не начал исчисляться. Вот когда Вы реально переедите в новую квартиру, тогда и в трех дневный срок Вам следует сдать служебную. 

С уважением.