Здравствуйте, Денис.
Да, суд может прекратить уголовное дело по основаниям, предусмотренным п. 2 части 1 статьи 24 УПК РФ — в связи с отсутствием состава преступления, в случае, если преступность деяния устранена новым законом.
Часть 2 статьи 24 УПК РФ:
2. Уголовное дело подлежит прекращению по основанию, предусмотренному пунктом 2 части первой настоящей статьи, в случае, когда до вступления приговора в законную силу преступность и наказуемость этого деяния были устранены новым уголовным законом.
Полномочия суда прекращать уголовное дело по этому основанию закреплены в части 1 статьи 239 УПК РФ:
1. В случаях, предусмотренных пунктами 3 - 6 части первой, частью второй статьи 24 и пунктами 3 - 6 части первой статьи 27 настоящего Кодекса, а также в случае отказа прокурора от обвинения в порядке, установленном частью седьмой статьи 246 настоящего Кодекса, судья выносит постановление о прекращении уголовного дела.
Судя по всему, в вашем случае имела место как раз именно эта ситуация — в прошлом, 2020 году, были внесены изменения в примечание 1 к статьи 199 УК РФ, согласно которым существенно увеличен показатель крупного размера неоплаченных налогов. Было — свыше 5 миллионов за 3 финансовых года, стало — свыше 15 миллионов рублей за тот же период.
Тогда как крупный размер неуплаченных налогов является обязательным признаком состава преступления, предусмотренного ст. 199 УК РФ.
Если дело именно в этом, решение суда правомерно.