Здравствуйте! У сына какое гражданство?
Если он-гражданин Украины, то учет по месту пребывания в России (так это правильно называется), на его гражданство не повлияет. Прежде всего гражданство РФ надо оформить, только после этого он сможет получить паспорт РФ.
Если же у него российское гражданство, то внутренний паспорт гражданина РФ он может получить в любом подразделении по вопросам миграции независимо от наличия или отсутствия регистрации
Если Вы желаете получить более подробную консультацию по данному вопросу, либо у Вас имеется другой вопрос, то можете обращаться ко мне в чат. Готов оказать Вам помощь в составлении документов. При необходимости составлю документы в прокуратуру, суд, иные организации.Услуги в чате оказываются на платной основе.