В 2013 куплена и оплачена квартира (в строящемся доме) в полном объеме по договору пай накоплению ЖСК В 2016

При покупке квартиры в голом поле, не было возможности заключения договора ДДУ

в дополнение: ок, понял. Тогда доказывать свое.

В принципе все упирается в законность договора «пай — накопления».

Но повторю, скорее споры будут.

В случае с ЖСК (жилищно-строительный кооператив) право собственности в недвижимом имуществе кооператива у его участников возникает в момент внесения паевого взноса за предоставленное помещение, а не после государственной регистрации права собственности. Это определено в части 4 ст. 218 Гражданского кодекса РФ. 

Следовательно, если член ЖСК полностью внес паевой взнос за предоставленную квартиру, то как налогоплательщик он имеет право на получение имущественных налоговых вычетов.Такое разъяснение дано на официальном сайте налоговой службы. Для налоговых отношений учитывается момент внесения паевого взноса в полном объеме.  Аналогично можно сделать вывод, что и срок для освобождения от уплаты налога за квартиру должен начинать течь с момента полной уплаты паевых взносов.

В качестве подтверждения этого факта необходимо предоставить договор о пай-накоплениях в ЖСК и обязательно справку о полной выплате пая.

Так как квартира как жилое помещение может быть предоставлена покупателю только после ввода жилого дома в эксплуатацию, передача недвижимости продавцом и принятие ее покупателем осуществляется по подписываемому сторонами передаточному акту или иному документу о передаче — соответственно, налогоплательщик — член жилищно-строительного кооператива, предоставляет в налоговый орган также передаточный акт (иной документ о передаче квартиры) или при его отсутствии — копию разрешения на ввод дома в эксплуатацию.

Проблема может возникнуть в связи с тем, если основанием для регистрации права собственности был указан договор ДДУ. Именно на это обращают внимание налоговики, и считают срок освобождения от налогообложения с указанной даты заключения этого договора. Хотя по сути правило ГК о моменте приобретения права собственности должно иметь определяющее значение в Вашем случае. Подтверждением этому может служить также решение  Кировского районного суда г. Уфы от 29 июля 2020 г. по делу № 2А-3592/2020, в котором суд определил начало течения минимального срока владения квартирой для освобождения от налога на основании указанной в справке о выплате пая даты.