Банк прислал письмо что реквизиты поменялись, платила кредит по новым реквизитам, теперь банк выставляет меня должником, что делать?

ГК РФ Статья 450. Основания изменения и расторжения договора

1. Изменение и расторжение договора возможны по соглашению сторон, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом, другими законами или договором.

Банк прислал вам уведомление об изменении реквизитов, а вы оплатили. Значит соглашение достигнуто.

Пишите им официальный запрос. пусть поясняют свои действия. Они же чем то поясняют свои действия. 

К сожалению, без документов дать точный правовой анализ невозможно.