Как правильно выделить доли в квартире детям при мат.капитале

Подскажите, пожалуйста, как быть в следующей ситуации.

После свадьбы супруги взяли квартиру в ипотеку, т.к. первоначальные вложения в квартиру были разные (жена продала однокомнатную квартиру, у мужа была небольшая сумма денег), то квартиру оформили сразу в долевую собственность: жене и ее ребенку от первого брака -большую часть, мужу - соответственно его вложениям. В браке родилось еще двое детей. Ипотеку они закрыли маткапиталом и еще за третьего дали 450тыс.руб. Собственно теперь вопрос: как им правильно выделить доли в квартире на детей. Жена готова выделить им со своей доли. Но, к сожалению, нотариус ее отсылает в МФЦ, а МФЦ снова посылает к нотариусу. Нотариус мотивирует свой отказ тем, что он может оформить только дарственную, а это не что иное, как волеизъявление родителя (типа захотела - и подарила) и она все равно будет "должна" в этом случае детям, а в МФЦ отказывают потому что квартира находится в долевой собственности, а не в общей. Как быть? И как правильно выделить доли детям чтобы не было потом обид и претензий. Нужно сложить все деньги,которые выделило государство, потом поделить на всех членов семьи - это и будет доля каждого ребенка? Или как-то по-другому? И где это правильнее оформить - у нотариуса или в росреестре?