Как находясь в разных городах заключить соглашение по алиментам

Уважаемый Александр!
Проще всего будет обратиться в суд по месту жительства о взыскании алиментов и в исковом указать те положения, которые Вы хотели отразить в соглашении. Ничего страшного в том, что порядок выплаты алиментов будет определен судебным решением нет.
Если не через суд — можно, в теории, оформить нотариальную доверенность на третье лицо (находящееся в городе, в котором проживает второй супруг), направить такую доверенность почтой и через доверенное лицо у нотариуса заключить соглашение. Стоит заранее найти в городе проживания второго супруга нотариуса, который согласится заверить такое соглашение.