Александр, добрый день!
Если не использовали нежилое помещение в предпринимательской деятельности, то можете уменьшить доход на расходы по покупке или на 250 тыс рублей (имущественный налоговый вычет). Расходы по покупке помещения должны быть документально подтверждены.
Если использовали в ПД, то воспользоваться вычетом не сможете (пп. 4 п. 2 ст. 220 НК РФ)
если иное не предусмотрено подпунктом 2.1 или 2.2 настоящего пункта, положения подпункта 1 пункта 1 настоящей статьи не применяются в отношении доходов, полученных:
от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности;
При продаже помещения нужно учитывать кадастровую стоимость объекта: если договорная стоимость ниже 70 кадастровой, то налог уплачивается исходя из 70% кадастровой стоимости объекта (п. 2 ст. 214.10 НК РФ) за минусом вычета или расходов на покупку.